中共云南农业大学纪律检查委员会在学校党委和云南省纪委双重领导下进行工作。内设纪委办公室、纪检处，两个处室合署办公。下设4个科室：综合科、党风政风科、监督检查科、案件管理科。
综合科：起草综合文稿，包括计划、总结、报告、讲话稿、通知、管理制度等；管理文件及综合档案资料，做好保密工作，包括日常文件收发、传阅、催办、归档，部门综合档案收集、整理、电子化、移交档案馆等；印章管理，包括校纪委、纪委办公室、纪检处印章使用登记管理；资产管理，包括办公用品采购、领用管理，固定资产采购、登记、报废，年度盘点，日常维修维护等；经费预算申报、日常报账；考勤、年度考核，绩效、人事档案管理等人事工作；相关会务、后勤保障工作，包括会议筹备、通知、综合会议记录、公务用车、对外接待联络等；统筹协调看望慰问服务退休职工等；完成领导安排的其它工作。
党风政风科：按照学校党委、纪委的各项工作部署，做好党风政风和纪律作风的监督管理工作；协助党风廉政建设责任制落实相关工作，包括草拟、印制、签订党风廉政建设责任书，督促检查党风廉政建设和反腐败工作制度的落实情况，提出有关纪律检查建议；组织开展教育扶贫领域等特殊环节和节假日纪律作风监督检查工作；组织开展纪律作风警示教育，制定年度计划，进行学习视频、书籍资料管理，协助学校党委有关部门开展对党员的党性党风党纪和廉洁自律教育；组织开展学校专兼职纪检监察干部理论学习和业务培训，提高纪检队伍的素质；做好日常纪检信息宣传、宣传平台维护、“两刊一报”征订和发放、意识形态及网络信息安全等工作；负责干部廉政档案建设和廉洁意见的审核；完成领导安排的其它工作。
监督检查科：负责制定对学校行政类有关重点领域、关键环节开展监督检查的工作计划、方案等，归口管理有关监督检查材料；组织开展对学校“三重一大”等重要制度落实情况的监督检查；组织开展对学校重大决策事项执行情况的专项督查；组织开展对学校有关重大事项的全过程监督；组织开展对学校行政部门有关重要制度建设运行及履行职能监督情况的监督检查；组织开展各类专项整治工作；负责受理领导干部婚丧嫁娶、因私出国、基建项目、零星修缮、物资采购、人员招聘、招生考试等日常报备事项，完成有关材料归档；组织开展对报备事项、监督检查情况的集中分析研判，形成廉政风险防控建议；完成领导安排的其它工作。
案件管理科：归口受理对党组织、党员违纪行为的检举控告，以及党员对校纪委作出的纪律处分或者其他处理不服的申诉；负责建立信访举报管理台账，提出信访拟办意见，对移办、交办、督办信访件及时跟踪落实；负责对问题线索进行集中台账管理、分析研判、分类处置，更新完善线索处置相关工作规则，规范台账管理和处置流程，对接各承办组，及时督促落实；负责案管系统的使用管理，做好系统维护、数据更新、自收件上报等工作，定期开展数据统计、信访对账、形势分析和问题风险点研判；按照干管权限，统筹承办人员对具体问题线索开展初步排查和调查核实，组织实施对失职失责的党组织和党员领导干部的问责事项，组织实施对党员和党组织涉嫌违纪案件的审查、审理，协调落实案件有关外调外查事项等；负责起草问责（含纪律处分）文件，组织实施问责决定的宣布与执行、问责事项的跟踪回访；负责准备信访和案件处置的相关会议材料，做好会议记录，协调、督促相关人员按校纪委决定落实有关提醒谈话、诫勉谈话，做好谈话记录；负责信访和案件材料接收存档，分类管理问题线索卷宗和非问题线索卷宗，负责标准化谈话室的日常运行管理；完成领导安排的其它工作。
